۲۰ خردادماه ۱۳۶۰، بنی‌صدر با فرمان حضرت امام از فرماندهی کل قوا عزل شد (۱۰ روز بعد نیز از ریاست جمهوری معزول شد). کنار رفتن بنی‌صدر از صحنه جنگ نقطه عطفی در تاریخ دفاع مقدس است. در استراتژی نظامی او بها دادن به نیرو‌های داوطلب بسیجی و پاسدار‌های انقلابی جایی نداشت؛ عاملی که با کنار رفتن بنی‌صدر برگ برنده جبهه ایران اسلامی شد.
در خصوص بنی‌صدر و نقشی که در جنگ عهده‌دار بود، دیدگاه‌های متفاوتی وجود دارد. خردادماه ۱۳۸۹ در یک برنامه تلویزیونی دریابان شمخانی گفت که بنی‌صدر به پیروزی در جنگ برای بالا بردن محبوبیتش نیاز داشت، بنابراین به عنوان یک خائن در جبهه‌ها ظاهر نشده بود. چنین موضع‌گیری تا آن تاریخ از سوی یک نظامی بلندپایه بی‌سابقه بود، چنانکه با واکنش بسیاری از رزمندگان و فرماندهان دوران دفاع مقدس نیز رو به رو شد؛ همان‌ها که به جد طرفدار نظریه خیانت بنی‌صدر در جبهه‌های جنگ هستند.
چه بنی‌صدر خائن بود یا نه، در کارنامه مدیریتش در جنگ موفقیتی دیده نمی‌شود. در زمان فرماندهی او چهار عملیات برای بیرون راندن دشمن از خاک کشورمان انجام گرفت که هیچ کدام نتیجه خاصی در برنداشتند. (مقایسه شود با شکست حصر آبادان، آزادسازی بستان، فتح‌المبین و آزادسازی خرمشهر که همگی بعد از عزل بنی‌صدر حاصل شدند.) اولین عملیات بزرگی که بنی‌صدر تدارک دید ۲۳ مهر ۱۳۵۹ بود که رزمندگان ارتش در محور دزفول وارد عمل شدند. این عملیات بنا به دلایل متعددی ناکام ماند. سوم آبان ۱۳۵۹ باز نیرو‌های ارتش در جاده اهواز- آبادان عملیاتی اجرا کردند که به شکست انجامید. ۱۵ دی ۱۳۵۹ عملیات «نصر» که بعد‌ها به عملیات هویزه مشهور شد، با شرکت نیرو‌های ارتش و سپاه انجام شد. این عملیات به دلیل شهادت سید مرتضی علم‌الهدی و دانشجویان پیرو خط امام که پس از تحویل گروگان‌های لانه جاسوسی عازم جبهه‌های نبرد شده بودند، انعکاس نسبتاً وسیعی در داخل و خارج از کشور داشت. پس از دستور امام مبنی بر رفع حصر آبادان، ۲۰ دی ۱۳۵۹ نیز عملیات «توکل» با هدف شکستن محاصره آبادان و آزادسازی خرمشهر انجام شد که سرنوشتی همانند عملیات‌های پیشین یافت.
همانطور که در اوایل جنگ استراتژی «زمین بدهیم زمان بگیریم» از سوی بنی‌صدر باعث از دست رفتن بسیاری از مناطق کشورمان شده بود. اصرار او در بی‌اعتمادی به نیرو‌های مردمی نیز ضربات جبران‌ناپذیری به جبهه خودی وارد کرد. سردار مرتضی قربانی در این باره نقل می‌کند: «موقع محاصره آبادان به ما پاسدار‌ها مهمات نمی‌دادند. همان ایام بنی‌صدر را دیدم و با او وارد بحث شدم. حرفهای عجیبی می‌زد. می‌گفت: استراتژی ما این است که مثل اشکانی‌ها عقب‌نشینی کنیم و سپس دشمن را محاصره کنیم!» بنی‌صدر در حالی از محاصره دشمن می‌گفت که رزمندگان ایرانی در آبادان در محاصره عراقی‌ها بودند!
بها ندادن به نیرو‌های مردمی و پاسدار‌ها آنچنان بازتاب منفی در جامعه یافته بود که به گفته یکی از رزمندگان حتی گروه‌های چپ نیز در دیوارنویسی‌های خود شعار «پاسدار‌ها را به سلاح سنگین مجهز کنید» گنجانده بودند. سردار علی فضلی نیز در خاطراتش عنوان می‌دارد: «در یکی از روز‌های اوایل جنگ بنی‌صدر برای ما سخنرانی کرد. بخشی از صحبت‌هایش این بود که برای چه به جبهه آمدید؟ شما دانش نظامی ندارید و آموزش نظامی ندیدید و دست و پا گیر ارتش هستید؛ تمام این حرف‌ها برای طفره رفتن از نان، آب، غذا و تدارکات بود. ایشان از دادن اسلحه و مهمات برای مجاهدت در راه خدا دریغ می‌کرد. فضای جلسه فضایی شکننده و سنگین بود. موقع خروج درگوشی با دوستان هماهنگ کردیم همدیگر را هل بدهیم تا بنی‌صدر از چند پله زمین بخورد و دست و پایش بشکند!»
بعد از شکست عملیات توکل در دی ماه ۱۳۵۹، حتی خود بنی‌صدر نیز دریافته بود که موفقیت چندانی در جبهه‌ها نصیبش نخواهد شد. از این زمان تمرکز او بیشتر در فضای سیاسی و اجتماعی کشور بود. چنانکه در ۲۲ بهمن همان سال (۱۳۵۹) سخنرانی جنجالی در دومین سالروز پیروزی انقلاب انجام داد. سخنانی که مقدمه غائله ۱۴ خرداد و مضروب ساختن نیرو‌های حزب‌اللهی توسط اعضای گروهک منافقین در دانشگاه تهران شد. نهایتاً ابوالحسن بنی‌صدر در بیستم خردادماه ۱۳۶۰ از سمت فرماندهی کل قوا معزول شد. درست فردای همان روز رزمندگان عملیات فرمانده کل قوا خمینی روح خدا را به نشانه رضایت از این فرمان امام انجام دادند. حاصل کنار رفتن بنی‌صدر اتحاد سپاه و ارتش بود. سه ماه بعد اولین گام از سلسله پیروزی‌های رزمندگان در شکست حصرت آبادان کلید خورد و نهایتاً تا اواخر خردادماه ۱۳۶۱ یعنی یک سال پس از عزل بنی‌صدر، حدود ۹۰ درصد از متصرفات عراق در کشورمان آزاد شدند.
